Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan memiliki 4 (empat) Laboratorium, yaitu :
1. Laboratorium Riset dan Pengabdian
2. Laboratorium Pendidikan dan Pengajaran
2.1. Laboratorium Sentral Akuakultur
2.2. Laboratorium Sentral Manajemen Sumberdaya Perairan
2.3. Laboratorium Sentral Ilmu Kelautan
3. Laboratorium Komputasi
4. Laboratorium Pengembangan Produksi dan Kewirausahaan
