Kegiatan Perkuliahan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan UNSOED diselenggarakan di Gedung A dan B Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan. Jumlah ruangan yang disediakan untuk pelaksanaan kuliah sebanyak 6 ruangan yang terdiri dari Gedung A terdiri dari 2 ruangan kapasitas besar (80 - 100 mahasiswa) yaitu ruang Anubias dengan kapasitas 60 mahasiswa dan Oshpronemus dengan kapasitas 100 mahasiswa, Gedung B terdiri dari 9 ruangan yaitu Acropora dan Puntius memiliki kapasitas hingga 60 mahasiswa, Gracillaria, Caranx, Lutjanus, Mystus, Botia, dan Helostoma dapat menampung dengan kapasitas hingga 50 mahasiswa, serta ruang Actinia memiliki kapasitas kelas hingga 100 mahasiswa. Semua ruangan kuliah di Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan telah memiliki AC, terpasang LCD dan terkoneksi dengan jaringan internet. Sementara itu, untuk mendukung pelaksanaan seminar dan pendadaran, tersedia 1 ruang seminar mahasiswa dan sidang.
