Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan (FPIK) Universitas Jenderal Soedirman (Unsoed) aktif menjalin kerjasama dengan berbagai instansi pemerintah. Kegiatan kerjasama yang dilakukan untuk mendukung pengembangan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat. Kerjasama ini mencakup bidang akademik, riset ilmiah, program magang mahasiswa (MBKM, Kerja Praktik (KP), maupun skripsi), hingga pelatihan dan pengembangan sumber daya manusia. Dengan kemitraan yang luas, FPIK Unsoed berkomitmen untuk menghasilkan lulusan yang kompetitif dan berkontribusi pada pembangunan sektor perikanan dan kelautan, serta memperkuat peran ilmuwan dalam menghadapi tantangan global di bidang kelautan dan perikanan.
Berikut ini adalah daftar program kerja sama yang telah dilakukan oleh Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan (FPIK) Universitas Jenderal Soedirman (Unsoed) dengan berbagai instansi pemerintah.
| No | Mitra PKS | Tanggal Awal | Tanggal Akhir |
| 1 | Fakultas Pertanian Universitas Mataram | 2024-02-26 | 2029-02-26 |
| 2 | Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Muslim Indonesia | 2024-02-27 | 2029-02-27 |
| 3 | Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Mulawarman | 2024-02-27 | 2027-02-27 |
| 4 | Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Riau | 2024-02-27 | 2029-02-27 |
| 5 | Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Sriwijaya | 2024-02-27 | 2029-02-27 |
| 6 | Fakultas Pertanian Universitas Trunojoyo Madura | 2024-02-27 | 2029-02-27 |
| 7 | Perumdam Tirta Darma Ayu, Kec Kepandean, Kab Indramayu | 2024-07-18 | 2027-07-18 |
| 8 | Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Brawijaya | 2021-07-12 | 2026-07-12 |
| 9 | Dinas Perikanan dan Peternakan Kabupaten Banyumas | 2021-12-23 | 2026-12-23 |
| 10 | Fakultas Perikanan Kelautan Universitas Airlangga | 2022-03-08 | 2027-03-08 |
| 11 | Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Padjadjaran | 2022-10-19 | 2027-10-19 |
| 12 | Madrasah Aliyah Negeri 2 Brebes | 2023-01-31 | 2026-01-31 |
| 13 | Balai Kawasan Konservasi Perairan Nasional Kupang | 2023-02-23 | 2026-02-23 |
| 14 | Direktorat Jenderal Perikanan Tangkap | 2023-07-09 | 2028-07-09 |
| 15 | Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Borneo Tarakan | 2023-07-21 | 2026-07-21 |
| 16 | Pusat Riset Mikrobiologi Terapan BRIN | 2023-08-25 | 2026-08-25 |
| 17 | Jurusan Budidaya Perairan Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Riau | 2023-07-20 | 2027-07-20 |
| 18 | Jurusan Ilmu Kelautan Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Riau | 2023-07-20 | 2027-07-20 |
| 19 | Jurusan Manajemen Sumberdaya Perairan Fakultas Perikanan dan Kelautan Universitas Riau | 2023-07-20 | 2027-07-20 |